Em paralelo com a reconstrução física do navio começa-se a definir as grandes linhas de funcionamento futuro do SMM.
A exploração do navio Santa Maria Manuela assentou na identificação das suas áreas estratégicas estruturantes a que chamamos sectores.
Nesta fase do projecto estão identificadas e em processo de estudo prévio os seguintes sectores:
Sector I : Turismo, lazer, e desporto
Sector II: Negócios e actividades económicas
Sector III: Artes e Cultura
Sector IV: Diplomacia histórica e identitária
Sector V: Ciência/Tecnologia e Ambiente
Sector VI: Promoção da cultura científica e educação
Gradualmente iremos caracterizando os sectores agora apresentados.